开发网站合作协议,昆明做网站公,wordpress的vps建站流程,编程网站开发培训开源生信 Python教程 生信专用简明 Python 文字和视频教程 源码在#xff1a;https://github.com/Tong-Chen/Bioinfo_course_python 目录 背景介绍 编程开篇为什么学习Python如何安装Python如何运行Python命令和脚本使用什么编辑器写Python脚本Python程序事例Python基本语法 数… 开源生信 Python教程 生信专用简明 Python 文字和视频教程 源码在https://github.com/Tong-Chen/Bioinfo_course_python 目录 背景介绍 编程开篇为什么学习Python如何安装Python如何运行Python命令和脚本使用什么编辑器写Python脚本Python程序事例Python基本语法 数值变量操作字符串变量操作列表操作集合操作Range使用字典操作层级缩进变量、数据结构、流程控制输入输出 交互式输入输出文件读写实战练习一 背景知识生信相关作业(一)函数操作 函数操作生信相关作业二模块命令行参数 命令行参数生信相关作业三更多Python内容 单语句块列表综合生成新列表的简化的for循环lambda, map, filer, reduce (保留节目)exec, eval (执行字符串python语句, 保留节目)正则表达式Python画图Reference 一些练习题 给定FASTA格式的文件(test1.fa 和 test2.fa)写一个程序 cat.py 读入文件并输出到屏幕 (2分) open(file)for .. in loopprint()strip() function用到的知识点 给定FASTQ格式的文件(test1.fq), 写一个程序 cat.py 读入文件并输出到屏幕 (2分) 同上用到的知识点 写程序 splitName.py, 读入test2.fa, 并取原始序列名字第一个空格前的名字为处理后的序列名字输出到屏幕 (2分) split字符串的索引用到的知识点输出格式为NM_001011874
gcggcggcgggcgagcgggcgctggagtaggagctg....... 写程序 formatFasta.py, 读入test2.fa把每条FASTA序列连成一行然后输出 (2分) joinstrip用到的知识点输出格式为:NM_001011874
gcggcggcgggc......TCCGCTG......GCGTTCACC......CGGGGTCCGGAG 写程序 formatFasta-2.py, 读入test2.fa把每条FASTA序列分割成80个字母一行的序列 (2分) 字符串切片操作range用到的知识点输出格式为NM_001011874
gcggcggcgc.(60个字母).TCCGCTGACG #(每行80个字母)
acgtgctacg.(60个字母).GCGTTCACCC
ACGTACGATG(最后一行可不足80个字母) 写程序 sortFasta.py, 读入test2.fa, 并取原始序列名字第一个空格前的名字为处理后的序列名字排序后输出 (2分) sortdictaDict[key] []aDict[key].append(value)用到的知识点 提取给定名字的序列 (2分) 用到的知识点print fh, or fh.write()取模运算4 % 2 0写程序 grepFasta.py, 提取fasta.name中名字对应的test2.fa的序列并输出到屏幕。写程序 grepFastq.py, 提取fastq.name中名字对应的test1.fq的序列并输出到文件。 写程序 screenResult.py, 筛选test.expr中foldChange大于2的基因并且padj小于0.05的基可以输出整行或只输出基因名字。(4分) 逻辑与操作符 and文件中读取的内容都为字符串需要用int转换为整数float转换为浮点数用到的知识点 写程序 transferMultipleColumToMatrix.py 将文件(multipleColExpr.txt)中基因在多个组织中的表达数据转换为矩阵形式并绘制热图。(6分) aDict[‘key’] {}aDict[‘key’][‘key2’] valueif key not in aDictaDict {‘ENSG00000000003’: {“A-431”: 21.3, “A-549”, 32.5,…},”ENSG00000000003”:{},}用到的知识点输入格式(只需要前3列就可以)Gene Sample Value Unit Abundance
ENSG00000000003 A-431 21.3 FPKM Medium
ENSG00000000003 A-549 32.5 FPKM Medium
ENSG00000000003 AN3-CA 38.2 FPKM Medium
ENSG00000000003 BEWO 31.4 FPKM Medium
ENSG00000000003 CACO-2 63.9 FPKM High
ENSG00000000005 A-431 0.0 FPKM Not detected
ENSG00000000005 A-549 0.0 FPKM Not detected
ENSG00000000005 AN3-CA 0.0 FPKM Not detected
ENSG00000000005 BEWO 0.0 FPKM Not detected
ENSG00000000005 CACO-2 0.0 FPKM Not detected输出格式Name A-431 A-549 AN3-CA BEWO CACO-2
ENSG00000000460 25.2 14.2 10.6 24.4 14.2
ENSG00000000938 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
ENSG00000001084 19.1 155.1 24.4 12.6 23.5
ENSG00000000457 2.8 3.4 3.8 5.8 2.9 写程序 reverseComplementary.py计算序列 ACGTACGTACGTCACGTCAGCTAGAC的反向互补序列。(2分) reverselist(seq)用到的知识点 写程序 collapsemiRNAreads.py转换smRNA-Seq的测序数据。(5分) 输入文件格式(mir.collapse, tab-分割的两列文件第一列为序列第二列为序列被测到的次数)ID_REF VALUEACTGCCCTAAGTGCTCCTTCTGGC 2ATAAGGTGCATCTAGTGCAGATA 25TGAGGTAGTAGTTTGTGCTGTTT 100TCCTACGAGTTGCATGGATTC 4输出文件格式 (mir.collapse.fa, 名字的前3个字母为样品的特异标示中间的数字表示第几条序列是序列名字的唯一标示第三部分是x加每个reads被测到的次数。三部分用下划线连起来作为fasta序列的名字。)ESB_1_x2ACTGCCCTAAGTGCTCCTTCTGGCESB_2_x25ATAAGGTGCATCTAGTGCAGATAESB_3_x100TGAGGTAGTAGTTTGTGCTGTTTESB_4_x4TCCTACGAGTTGCATGGATTC 简化的短序列匹配程序 (map.py) 把short.fa中的序列比对到ref.fa, 输出短序列匹配到ref.fa文件中哪些序列的哪些位置。(10分) find用到的知识点输出格式 (输出格式为bed格式第一列为匹配到的染色体第二列和第三列为匹配到染色体序列的起始终止位置位置标记以0为起始代表第一个位置终止位置不包含在内第一个例子中所示序列的位置是(199,208](前闭后开实际是chr1染色体第199-206的序列0起始). 第4列为短序列自身的序列.)。附加要求可以只匹配到给定的模板链也可以考虑匹配到模板链的互补链。这时第5列可以为短序列的名字第六列为链的信息匹配到模板链为’’匹配到互补链为’-‘。注意匹配到互补链时起始位置也是从模板链的5’端算起的。chr1 199 208 TGGCGTTCA
chr1 207 216 ACCCCGCTG
chr2 63 70 AAATTGC
chr3 0 7 AATAAAT 每日书籍推荐 - 流畅的Python 《流畅的Python》作者卢西亚诺·拉马略Luciano Ramalho 是Thoughtworks 首席咨询师、Python 软件基金会成员、巴西知名 Python 语言学习社区 Python Brasil 联合创始人。拥有 25 年 Python 编程经验他的《流畅的Python》是编程领域经典作品影响近 8 万读者基于Python 3.10内容详尽精心设计的代码示例有近 500 段还有大量的图和表简直对学习真的太友好了。 具体看ChatGPT的评价 往期精品(点击图片直达文字对应教程) 机器学习 后台回复“生信宝典福利第一波”或点击阅读原文获取教程合集
