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1. vina_split拆分PDBQT文件
假设你用AutoDock Vina做了对接#xff0c;那么所有预测的结合构象都被放入一个多构象 PDBQT 文件中#xff0c;如果需要拆分后进行可视化分析#xff0c;那么Vina官方自带了vina_split来进行拆分。下面是vina_split…拆分PDBQT文件转为PDB格式
1. vina_split拆分PDBQT文件
假设你用AutoDock Vina做了对接那么所有预测的结合构象都被放入一个多构象 PDBQT 文件中如果需要拆分后进行可视化分析那么Vina官方自带了vina_split来进行拆分。下面是vina_split的用法简介。 Input: --input arg input to split (PDBQT) Output (optional) - defaults are chosen based on the input file name: –ligand arg prefix for ligands –flex arg prefix for side chains Information (optional): –help print this message –version print program version 以1a0q_out.pdbqt进行示例
vina_split --input 1a0q_out.pdbqt该命令假定vina_split 已经在你的环境变量PATH 中 (ps: vina_splitt和vina在同一个安装路径下面 1a0q_out.pdbqt为对接后的结果文件 --ligand arg可以设置拆分后文件的文件头不加该选项则默认的文件头为输入文件的文件名
最终将会获得如下拆分后的文件⬇
2. shell脚本自拆分
自己手动拆分也很简单按照ENDMDL为分隔将大的1a0q_out.pdbqt文件拆分成每个构象的小文件。只需在shell中一行搞定。
start1;for i in cat 1a0q_out.pdbqt|grep -n ENDMDL|awk -F : {print $1};do end$i;sed -n ${start},${end}p 1a0q_out.pdbqt out_${i}.pdbqt;startexpr ${end} 1;done最终将会获得如下拆分后的文件⬇
3. PDBQT格式转换为PDB格式
PDBQT格式的可视化依赖于AutoDockTools的PMV(Python Molecule Viewer)图形化界面。但大部分情况下我们更喜欢用PyMOL来进行结构可视化分析而PyMOL不能支持PDBQT格式因此需要将PDBQT格式转换为更普遍的PDB格式。可以通过万能的格式转换工具Open Babel将PDBQT格式转换为PDB格式Open Babel的安装可参考官方文档Install Open Babel。
3.1 单个的格式转换
babel -ipdbqt out_105.pdbqt -opdb out_105.pdb3.2 批量格式转换bash
for i in ls out_*.pdbqt;do jbasename $i .pdbqt;babel -ipdbqt $i -opdb ${j}.pdb;done
